Doğu Türkistan’da isyan
Karahan Yusuf Kıdırhan’ın Samerkant’a yürümesiyle Doğu Türkistan’daki askeri gücün çoğu Batı Türkistan’a götürülmüştü. Bu durumu fırsat bilen Hotan hanı ve Uygur İdikut Hanlığı İsyan etti. O zamanlar Hotan’da gayrı Müslimlerin sayısı çoğunluktaydı. Hotan’da ayaklananlar, Karahanlı’nın Hotan’daki memur ve askeri birliklerini yok edip, kapatılan “Purhan evi” yani, Budist ibadet yerlerini yeni baştan açarak, buda ve Kaman dinlerine ibadet etmeye başladılar. Diğer taraftan ise Uygur İdikut’u bağımsızlığını ilan etti ve Hicri 417- (miladi 1026) yılında Sultan Mahmut’a elçi göndererek, Karahan Yusuf Kıdırhan’a karşı bir anlaşma yapma talebinde bulunmuş olsalar da Sultan Mahmut bu talebi reddetti.
Gercizi kendisinin “Zeynul Ehbar” adlı tarih kitabında, yukarıda bahsettiğimiz tarihte, “Çin Hanı da, İdi kut’un elçisi ile bir elçi göndererek, Sultan Mahmut’u Karahanlı, Yusuf Kıdırhan’a karşı savaştırmak için kışkırttı, Sultan Mahmut bu talebi reddetti” diye yazar.
Doğu Türkistan’da bu olaylar meydana gelirken, Karahan Yusuf Kıdırhan hala Samerkant’ta idi. Buhara ve Samerkant halkını İslam için cihada çağırıp yaklaşık 20,000 bin kişilik ordu topladı ve bir kısım dini alimler ve Seyyidler önderliğinde Doğu Türkistan’a büyük bir cihat ordusu gönderdi. (önemli bazı işleri yüzünden kendisi Samerkant’ta kaldı.) Bu ordu Kaşgar’a gelip, Hicri 416 (Miladi-1025) yılı, Rebbiussani yada Camadil evvel ayında Hotan’a yürüdü. buradaki Müslümanların yardımlarıyla şehir kolayca fethedilse de, gayri Müslim olan Budistler şehirden kaçtılar ve toplandığı dağlık bölgelerden karşılık vermeye başladılar. Müslüman ordusu onları dağ aralarında takip ederek savaştılar. Ama, Budistler dağlar arasında parçaladığı Müslüman ordusunu tuzağa düşürerek hepsini şehit ettiler. Hotan’daki “Dört İmam Zebihullah” hikayesinin içeriği işte bu olaydan ibarettir. Bu olayların meydana geldiği sıralar (yanı Şaban ayında) Yusuf Kıdırhan, Kaşgar’a gelir gelmez Hotan’a yürüdü ve isyancıların tamamını yok etti. Hotan hanı Müslüman oldu ve biat etti. İdikut devleti Çinlilerin yardımlarıyla bir müddet karşılık vermiş olsalar da en sonunda Hicri 416 yılının sonlarına doğu tamamen mağlup oldular, fidye vermek ve Karahanılar’a ait olmak şartıyla, iç işlerinde bağımsızlığını koruyabildiler.
Gercizi’nin “Zeynul Ehbar” adlı tarih kitabında, Uygur İdikut ile Çin Hanının Sultan Mahmut’a elçi gönderip, Karahan Yusuf Kıdırhan’a karşı müttefik olmak istedikleri ve Sultan Mahmut’un bunu reddetmesi hakkındaki beyanlar işte o zaman meydana gelen olayları aksettirir.

Ali Tekin İlkhan’ın İkinci İsyanı

Yusuf Kıdırhan Semerkant’tan daha çok askeri güç getirip, Hotan’daki isyanı bastırmayla meşgul olduğu sıralarda, Ali Tikin bu fırsatı kollayarak Selçuk oğulları ile birleşip güç topladıktan sonra, elinden alınan İlkhan’lığı tekrar geri alma hayaline düştü. Selçuk oğullarından Tuğrulbeg ve Çağrıbeg’ler Ali Tikin’in bu teklifini kabul etmediler. Ama, Selçuk oğullarının torunu Yusufbeg kendi adamlarıyla Ali İlkhan tarafına geçti. Böylece Ali İlkhan Semerkant’a yürüdü, oradaki İlhan güçlerini mağlup etti ve Semerkant ile Buhara’yi işgal ederek oralara tek başına hükmetmeye başladı. Yusuf Kıdırhan onlara karşı ordu gönderse de, gönderilen ordu bozguna uğrayıp geri çekildiler. Bunun sonucu Ali İlkhan günden güne güçlenmeye başladı. Hicri 416. yılının sonlarında Kıdırhan oğlu Mahmut yağan Tikin’in önderliğinde Sultan Mahmut’a elçi göndererek, İlkhan ve Yusufbeg’lere karşı askeri yardım etmesini talep etti. Yağan Tikin Gazne’ye geldiklerinde, Sultan Mahmut han Hindistan’daki ünlü “Momnat” savaşıyla meşgul idi. Sultan Mahmut han Hindistan’dan döndüğünde yardım olarak asker göndereceğine söz verir ve Yağan Tikin geri döner. Yusuf Kıdırhan da o günlerde Uygurların ayaklanmalarını bastırmayla meşgul olduğundan, Ali Tikin’i dize getirme işini Sultan Mahmut’un söz vermesi üzerine geciktirdi. Bu arada, Yusufbeg ile arası bozulan Ali İlkhan, Yusufbeğ’i öldürdü ve geri kalan Selçuk oğullarını dize getirerek, Doğu Türkistan’a sürgüne gönderdi. (bu olayı aşağıda anlatacağız) sonuçta, her seferindeki isyanlarda Ali İlkhan’a yardım eden Selçuk oğulları ondan ayrıldı ve Ali İlkhan yalnız kaldı. Hicri 418 (Miladi-1027) yılının başlarında Yusuf Kıdırhan, oğlu Yağan Tikin komutanlığında çok büyük bir orduyu Ali İlkhan’a karşı gönderdi. Sultan Mahmut da “Ebu Bekir Hesriy” adındaki komutanını yardıma gönderdi. Bu haberi duyan Ali İlkhan çok korktuğundan hemen Yusuf Kıdırhan’dan özür diledi ve Batı İlkhanlığı’nın bütün şartlarını kabul edeceğini bildirip, Karahanlı Devletine sonsuza dek sadık kalacağı hakkında söz verdi. Karahan Yusuf Kıdırhan, Ali İlkhan’ın bu sözlerini kabul edip, Yağan Tikin ve Ebubekir-i Hesriy’i Semerkant’a hücum etmeden geri gelmelerini emretti. O tarihten itibaren Ali İlkhan vefat edene kadar, Karahanlı Devletine sadık kaldı.
Kuzey İlkhan’ı İkinci Tuğanhan vefat ettikten sonra, Karahan bu İlkhanlığı kendilerine bağlayıp (Merkeze dahil ederek) oğlu II. Arslan Hanı, Kuzey İlkhan’ı tayin ederek, ona “Şerefi Devlet” yanı “Devletin Şan - Şerefi” ünvanını verdi.